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Para o diagnóstico, no entanto, o ginecologista ou o endocrinologista precisa descartar a presença de outras doenças que possam levar a quadro semelhante. Além disso, é importante ressaltar que somente a presença dos cistos isoladamente no ovário não fecha o diagnóstico da síndrome, assim como também não é obrigatória a sua presença (por isso há tantas críticas para o "nome" da síndrome, que não seria adequado). Além da exclusão de outras doenças, também é necessário que haja presença de alguns fatores obrigatórios para se ter o diagnóstico correto.
